一、疑似肺结核患者的病原学诊断
通过影像学、临床表现疑似结核感染的患者，若单独检测TB阳性率不到20%。鸟胞内、脓肿、堪萨斯分枝杆菌三种非结核分枝杆菌的感染率可达到10%左右。培养的方法很难培养出这些细菌；而专门做分枝杆菌分型的试剂灵敏度又过低，本公司设计了一种高灵敏度的多重荧光定量PCR方法来检测肺部最常见感染的非结核分枝杆菌和TB。检测100多例疑似结核感染的患者，整合临床症状和治疗效果等数据，就可以得到论文需要的数据；
二、从外周血干扰素途径相关的基因表达来检测结核活性感染
结核的诊断，若着眼于细菌学本身的检测，有痰涂片进行抗酸染色，灵敏度较低；后续发展了各种分子生物学的方法来检测结核杆菌，包括各个体外诊断公司研发的TB-qPCR检测试剂盒，WHO推荐的GeneXpert微流控检测TB核酸法，以及最近出现的高通量测序法，较抗酸染色，以及痰培养方法显著提升了检测TB的灵敏度；但总体来说，以上各种检测结核方法的阳性率总体上仍然只有 63%左右，特别是肺外结核，很难查到TB菌。故也有从宿主人体的免疫反应来检测结核感染，例如T-SPOT检测方法，.就是检测外周血中经过结核分支杆菌特异性抗原激活的释放了γ干扰素的T细胞。T-SPOT 检测的是人体对结核分枝特异性抗原的免疫反应（而非菌本身）。T-SPOT的阴性结果意义较大，可以排除TB感染；但T-SPOT的阳性结果可能是活动性结核病患者、既往感染者或者是潜伏性感染的状态。国际上还有一种检测TB的研究方向，就是基于外周血有核细胞在身体受到TB感染时，能发生表达的变化，并且可以筛选出针对TB感染的特异的基因表达变化。由于mRNA表达半衰期较短，只有活性感染的患者才会出现这些基因表达的变化【1】。目前国际上筛选出这样的结核特异表达的基因中中，GBP5、GBP6、FCGR1A、FCGR1B等，在不同的研究中都被筛选到。但检测mRNA的表达方法学比较复杂，包括全血的保存，RNA的提取都使得目前检测mRNA的方法学难以进行临床普及。我们研发了一种检测全血RNA表达的方法，基于荧光定量RT-PCR，临床上用普通的EDTA抗凝采血管采血，室温放置3天都能有效检测血样中的基因表达。
三、呼吸道真菌感染7项检测
临床疑似真菌感染时，可以取痰液、肺泡灌洗液标本，在做培养的同时，用多重PCR方法检测临床常见的7种（属）真菌的检测，包括酵母、念珠菌、曲霉菌、肺孢子菌、毛霉/根霉、马尔尼菲蓝状菌、隐球菌。然后比较培养和分子生物学方法的结果，就可以得到论文需要的数据；本公司建立一种快速核酸水平检测这7种真菌的方法。
四、呼吸道急性感染病原体检测
本公司建立了多重PCR自动化快速检测技术，检测可引起呼吸道急性感染的细菌、真菌、病毒 等20余种病原体。和临床常规的培养方法，血清感染指标，甚至同样都属于分子生物学的多重qPCR 和 靶向高通量测序进行比较，就可以得到论文需要的数据。
五、慢阻肺患者肺损伤的评估
ACOXL基因是肺组织一个特异的甲基化基因【2】，肺细胞死亡越多，痰里面的ACOXL基因甲基化含量会越高。通过分析痰液里面ACOXL基因甲基化片段的含量，可以判断慢阻肺患者的肺损伤程度；本公司已经建立好了检测AXCOL基因甲基化的技术，可以满足本项检测的需求。
六、疑似肺癌患者的确诊
通过肺泡灌洗液中的抑癌甲基化基因检测对影像学疑似肺癌患者进行进一步诊断；本公司已经建立好了检测RASSF1A，SHOX2基因甲基化，以及可以区分腺癌和鳞癌的基因甲基化的技术，可以满足本项检测的需求。
【1】贝呈, 等。基于血液样本的转录标识物在结核诊病诊断中的研究进展。中国防痨杂志，2023，45：801-807.
【2】Sun K., et al., Plasma DNA tissue mapping by genome-wide methylation sequencing for noninvasive prenatal, cancer, and transplantation assessments. PNAs. 2015,112(40):E5503-12.
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