一、从活检穿刺的标本中，从基因表达水平鉴别甲状腺恶性癌变和良性病变
细胞学和病理学观察活检甲状腺穿刺的标本，会有30%左右的标本仍然无法鉴定恶性还是良性病变。于是有分子生物学方法应用于甲状腺活检穿刺标本来判断是否良性还是恶性病变。
最开始用到的分子生物学方法包括检测穿刺标本中DNA水平上发生的基因突变或者基因重排，例如BRAF、RAS基因的突变，以及RET基因的重排等。随着数据积累，研究发现检测基因突变和基因重排，灵敏度不够，大概有1/3的样本即使是恶性癌变也检测不到这些常见的基因突变和基因重排【1】。然后有利用活检穿刺的细胞中的基因表达来判断是否癌变的临床应用，包括美国加州商业性公司Afirma用基于微阵列芯片技术检测167个基因的表达来诊断活检穿刺标本是否良性或者恶性肿瘤【2】，也有检测40个基因表达来区分甲状腺活检组织是良性还是恶性的商业化产品【3】。考虑到在DNA水平上发生变化的点突变、重排，以及甲基化，都是在DNA相同的拷贝水平发生的变化；而RNA表达会有一个信号放大的效果，即一个基因的DNA拷贝，可以表达成千上万个RNA转录本。
基于甲状腺癌是一种“懒癌”，恶性程度远低于其他肿瘤，因此从mRNA水平的差异来区分甲状腺的恶性vs.良性病变可能准确性更高。但国外那种基于高通量技术来检测mRNA表达的方法，包括微阵列芯片和高通量测序，成本会太高。因此可以考虑筛选出5-8个左右的基因，用荧光定量PCR方法，在甲状腺活检组织中，区分恶性 vs.良性病变 达到均大于90%的灵敏度和特异性是完全可能的，准确率可能略低于高通量的方法；但性价比会明显优于高通量的方法。
早在2006年，JCO杂志就用荟萃方法分析了多篇通过基因表达区分甲状腺恶性癌变和良性病变的差异表达基因，找到了在多篇研究报道中在甲状腺恶性癌变组织中都高表达的基因，包括MET、SERPINA1、TIMP1、FN1、QPCT等基因【4】。因此在以上这些候选基因中，用荧光定量PCR方法来检测活检穿刺组织中的基因表达的mRNA水平，在方法学上操作简单。
本公司用荧光定量PCR方法可以通过对mRNA实行跨内含子的引物探针设计，故只用普通的磁珠法提取穿刺组织的总核酸即可，无需特意去除基因组DNA的残留，试剂耗材成本低，可以进行甲状腺活检穿刺组织恶性 vs.良性病变的区分临床科研。
【1】Nikiforov YE, Ohori NP, Hodak SP, Carty SE, LeBeau SO, Ferris RL, Yip L, Seethala RR, Tublin ME, Stang MT et al: Impact of mutational testing on the diagnosis and management of patients with cytologically indeterminate thyroid nodules: a prospective analysis of 1056 FNA samples. J Clin Endocrinol Metab 2011, 96(11):3390-3397.
【2】Alexander EK, Kennedy GC, Baloch ZW, Cibas ES, Chudova D, Diggans J, Friedman L, Kloos RT, LiVolsi VA, Mandel SJ et al: Preoperative diagnosis of benign thyroid nodules with indeterminate cytology. N Engl J Med 2012, 367(8):705-715.
【3】Pluciennik A, Placzek A, Wilk A, Student S, Oczko-Wojciechowska M, Fujarewicz K: Data Integration-Possibilities of Molecular and Clinical Data Fusion on the Example of Thyroid Cancer Diagnostics. Int J Mol Sci 2022, 23(19).
【4】Obi L Griffith, et al., Meta-analysis and meta-review of thyroid cancer gene expression profiling studies identifies important diagnostic biomarkers. J Clin Oncol. 2006,24:5043-51.
客服1
客服2