一、从外周血基因表达鉴别细菌和病毒感染
参考儿科类似科研方向的设计；目前发表较多的研究都是基于从儿童的外周血有核细胞基因表达来区分病毒感染和细菌感染；但最近也有从成人外周血的26个基因表达来区分细菌感染和急性发热的病毒感染【1】。目前我们已经建立了比较方便地从外周血中检测基因表达的荧光定量方法学。因此可以把临床现有的病原学检测和基因表达检测数据结合起来，就形成了论文写作需要的数据。
【1】Tillekeratne, LG., et al, Previously Derived Host Gene Expression Classifiers Identify Bacterial and Viral Etiologies of Acute Febrile Respiratory Illness in a South Asian Population. Open Forum Infect Dis. 2020, 26;7(6): ofaa194.
二、对高通量测序检测病原体的数据进行方法学验证
随着高通量测序检测病原体技术在临床上的应用逐步推广，包括宏基因组mNGS技术和靶向tNGS技术，已经逐步走入了三甲医院的感染科；目前对这些高通量的方法学的灵敏度和特异性评估起来比较困难，因为很难找到一个能检测这么多种病原体的方法学金标准。在此情况下，Chen等人就直接比较了mNGS和tNGS在成人脑炎病原体检测中的性能比较【2】；也有研究团队比较了检测43种牛病原体的tNGS和检测10种代表性牛病毒的qPCR技术，通过qPCR检测这10种病原体来比较tNGS的灵敏度和定量性【3】，还有研究用tNGS检测通过犬传播的17种病原体，然后用PCR方法验证tNGS的灵敏度【4】。对于开展了高通量测序检测病原体的科室，可以留取高通量测序病原体的核酸或者临床标本，然后用包含20余种呼吸道病原体的qPCR方法进行比较，一方面是测序的序列数和qPCR的Ct值进行定量相关性比较，同时结合临床培养，用药治疗效果等数据，就可以比较qPCR和高通量方法在这20余种病原体上检测上的灵敏度，从而得到论文写作的数据。
【2】Chen W, et al, Evaluation of metagenomic and pathogen-targeted next-generation sequencing for diagnosis of meningitis and encephalitis in adults: A multicenter prospective observational cohort study in China. J Infect. 2024 May;88:106143.
【3】Anis, E., et al, Evaluation of Targeted Next-Generation Sequencing for Detection of Bovine Pathogens in Clinical Samples. J Clin Microbiol. 2018, 56(7):e00399-18.
【4】Kattoor, JJ., et al., Targeted Next-Generation Sequencing for Comprehensive Testing for Selected Vector-Borne Pathogens in Canines. Pathogens 2022, 11(9), 964.
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